Jougorou Kobato punya kebiasaan mencampuri masalah orang lain. Setelah menyadari keterampilan detektifnya tidak diinginkan atau dihargai, ia membuat kesepakatan dengan temannya yang pemalu, Yuki Osanai, untuk menjadi orang biasa bersama. Sekarang, saat memasuki sekolah menengah, mereka ingin dianggap sebagai orang biasa, namun Kobato tidak bisa tidak kembali ke cara deduktifnya saat dihadapkan dengan misteri sehari-hari. Sayangnya, tidak semua kejadian biasa yang mereka temui. Saat menjalani hari-hari sekolah sambil berusaha menghindari perhatian, Kobato dan Osanai terkadang terjebak dalam insiden yang membahayakan rencana mereka untuk menjalani kehidupan yang damai dan biasa-biasa saja.